如何使用PRIMERPLEX 专业培训

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PrimerPlex是一种高效、复杂的工具，用于设计oligo并进行多重分析。多重分析促进了单个反应容器中多个目标的扩增，减少了实验的时间和成本。
多重PCR引物设计提出了几个挑战，其中包括引物二聚体、不能分离具有类似的电泳迁移率的扩增子以及由于非特异性结合非靶标DNA模板导致的引导错误。PrimerPlex使用专有算法，在**过100个序列的均匀反应条件下设计优多重引物集。在池中筛选所有引物后，识别引物集合，并大限度地减少Tm失配，以确保特定的放大和高信号强度。在这个过程中，它在几秒钟内分析了数百万个可能的多重引物集，并给出了一个备用集合的列表。您可以在设计的引物对中*小产品尺寸差异，以更好地可视化凝胶上的条带。为了保证引物特异性，引物可以从PrimerPlex对NCBI中任何可用的基因组数据库进行BLAST搜索。
对于SNP的基因型研究，PrimerPlex设计了SNP的旁侧引物。其结果包括每个DNA模板的引物对，包括产品尺寸、退火温度等物理化学寡聚物性能。此外，二级结构的图形显示也可用以帮助确定它们是否会阻碍反应。
多重PCR检测用于基因表达分析（使用凝胶电泳的终点检测），用于高通量SNP应用，如基因分型，用于下一代测序所需的目标浓缩、病原体检测、菌株分型和单倍型分型。PrimerPlex还设计了优等位基因特异性捕捉探针和Allele Specific Primer Extension (ASPE)引物用于高通量SNP基因型分析。
Primer design for multiplex PCR presents several challenges which include primer dimers, inability to separate amplicons with similar electrophoretic mobility and mis-priming due to nonspecific binding to non-target DNA templates. PrimerPlex uses proprietary algorithms to design optimal multiplex primer sets under uniform reaction conditions for over 100 sequences. The primer sets are identified after screening all the primers in a pool and minimizing Tm mismatches to ensure specific amplification and high ** strength. In this process, it analyzes millions of possible multiplex primer sets in a few seconds and presents a list of alternate sets. You can specify minimum product size differences amongst the set of designed primer pairs for better visualization of bands on a gel. To assure primer specificity, primers can be BLAST searched from PrimerPlex against any of the genomic databases available at NCBI.
Multiplex SNP Detection and High Throughput Genotyping
Multiplex PCR Primer Design
Comprehensive Assay Support
Next Generation Sequencing Assay
Primer Specificity
Evaluate Pre-Designed Primers and Probes
Addition of MagPlex TAGs

Automatic Homology & Template Structure Avoidance
Primer Premier automatically interprets the BLAST search results and avoids those regions to design primers that have significant cross homologies with the database. These homologous regions are highlighted in the sequence view and are avoided during primer search.

多重PCR检测用于基因表达分析（使用凝胶电泳的终点检测），用于高通量SNP应用，如基因分型，用于下一代测序所需的目标浓缩、病原体检测、菌株分型和单倍型分型。PrimerPlex还设计了优等位基因特异性捕捉探针和Allele Specific Primer Extension (ASPE)引物用于高通量SNP基因型分析。
功能
多重SNP检测和高通量基因型
使用PrimerPlex，您可以设计SNP在旁侧的多重PCR引物、SNP在3’末端的ASPE引物以及SNPs在中心的捕获探针。PrimerPlex使您能够通过它们中每一个设计oligo，来检测一个中等大小的基因组序列的所有突变。检查这些引物和探针以进行复用，并显示佳可能的集合。


PrimerPlex 多重PCR和高通量SNP基因分型和分析的Oligo设计
功能
多重SNP检测和高通量基因型
使用PrimerPlex，您可以设计SNP在旁侧的多重PCR引物、SNP在3’末端的ASPE引物以及SNPs在中心的捕获探针。PrimerPlex使您能够通过它们中每一个设计oligo，来检测一个中等大小的基因组序列的所有突变。检查这些引物和探针以进行复用，并显示佳可能的集合。
多重PCR引物设计
设计用于多重分析的引物集可能是一项具有挑战性的任务。PrimerPlex使用创新的和专有的算法来设计优的多重引物集，大限度地减少Tm失配所有的集合进行交叉反应分析，以确保特定和有效的扩增。您可以从一系列交替呈现的各种排序顺序中选择适合您的实验需求的集合。使用PrimerPlex，您可以灵活地设计引物，无论是朝向3'端，还是5'端，在这些端点的*距离或序列内的任何地方。
对于SNP的基因型分析，该程序设计了引物旁侧突变，如SNPs、DIPs（删除/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性）。
全面的分析支持
使用PrimerPlex为多重PCR、ASPE和直接杂交分析设计oligos。oligos被筛选为交叉反应性，以确保高信号强度，大限度地减少Tm失配。oligos筛选二聚体、运行和重复。
下一代测序分析
使用PrimePlex设计多重oligos，用于预先测序的样品制备和突变检测，如SNPs，DIPs（删除/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性），就像点击几个按钮一样简单。
引物特异性
程序BLAST搜索在单个搜索运行中搜索多个序列。结果会自动解释，并在引物设计中避免识别出现的同源性，从而确保设计是高度特异的。
Addition of MagPlex TAGs
The program now also supports a database of MagPlex TAGs along with the MicroPlex xTAGs (formerly known as FlexMAP TAGs) for automatic addition of appropriate tags to each ASPE primer. The tags are so chosen that they minimize dimerization and do not fold back on the oligos they are attached. In addition, a user can override the program's recommendation and select a tag on their own. PrimerPlex alerts the user if the tags are not unique or if the tag chosen is incompatible with the oligo.
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